Theo nhà nghiên cứu Nicholas Reeves, những món đồ tùy táng trong lăng mộ của Tut (KV62) được cho là dành cho Neferneferuaten, bao gồm những chiếc bình canopic, một số rương hòm bằng vàng và nhiều bức tượng người shabti[10][11]. Trong số đó còn có tấm đeo ngực bằng vàng tinh xảo mô tả nữ thần Nut.

Vào năm 2015, Reeves công bố bằng chứng cho thấy, một khung cartouche trên chiếc mặt nạ vàng nổi tiếng của Tut có khắc tên "Ankheperure mery-Neferkheperure". Do đó, chiếc mặt nạ này ban đầu có thể được dự tính làm cho Neferneferuaten[12], có thể dành cho chính nữ hoàng Nefertiti[13]. Nhiều suy đoán rằng, Neferneferuaten đã bị lật đổ, và bà được chôn với những đồ tùy táng khác, có thể là của Akhenaten[14]. Và vì mọi đồ dùng đều được chôn theo Tutankhamun, rất có thể bà không được táng theo đúng nghi thức dành cho một nữ hoàng[6][15][16].

Một chiếc hộp gỗ của Smenkhkare cũng đã đề cập đến tên bà là Neferkheperure-Waenre, Ankhkheperure Mery-Neferkheperure và Neferneferuaten Mery-Waenre. Reeves cho rằng, Neferneferuaten đã cho khôi phục lại sự thờ cúng thần Amun vào cuối thời trị vì của bà[6][15][16], dựa vào những dòng chữ và hình vẽ trong ngôi mộ TT139.